1980年12月初英国剑桥大学植物标本室助教Rita Ions，在该室小橱内发现了题为《来自南美洲的达尔文的植物》和《达尔文的南美洲植物》的两本笔记本。这两本有关英国皇家军舰比格尔号（1831 ~ 1836年）在远航中采集到的植物的笔记本已经遗失了一百多年了。它们的长期丢失已经为达尔文植物的鉴定工作带来了许多问题，同时还妨碍了这次远航对植物学概貌的恰当认识。

这两本笔记本原先在同意为它进行鉴定的剑桥植物学教授、达尔文的老师Henslow编辑中，可是由于其他任务，Henslow只鉴定了少数一部分，在十九世纪40年代初期，这一工作移交给了Hooker，那两本笔记本也移交给了他。据推测，大概因为后来没归还，所以前一阵子剑桥大学就一直没有能找到这两个本子。Hooker他们虽则也曾作了不少鉴定，但直到今天还没有进行分类。被绳子捆扎着的第二本的“封底”是题为《植物》的笔记第二本第11页。这些本子都是由截至1839年止作为达尔文的仆人和在比格尔号上的抄写员Corington所手写。有几处注释和更正是由达尔文和Henslow添加的手写体。

对各种植物的记录，从文笔简练的《植物》到智利的Chonos半岛的野生马铃薯的讨论，它的篇幅长达一页之多。后者是达尔文在《研究杂志》中进行讨论的基础。同样，人们可以对照《研究杂志》探讨笔记本的其他段落。某些像有关提厄刺·得· 翡哥的矮山毛榉（南极洲假山毛榉属）这个段落比公开发表的多了一些有趣的材料：Jemmy Button说，‘叶子黄，雪消失’——船长Fitz Roy说，四月间生长在山脚部分的树叶变色；但往高处，树叶不变色——使我回想起过去读过的一篇论文，它说，在英国，暖和的秋天加快了树叶的脱落；这是植物的一个正常过程：这一事实看来将显示相同的规律。但是在杂志上发表时，巴顿的引语被删掉了。

笔记本有一段描写了提厄刺·得· 翡哥的森林，看来是《物种起源》中有关“混合群”的预告：“十分潮湿的气候有利于植物的茁壮繁殖：森林是一个为了主宰一切进行生死搏斗的复杂的总体”。在达尔文发表过的《自然选择下的物种起源》—书的初版末一段中写道，对一个“混合群”的详尽思考是饶有兴趣的：那里，许多不同种类的植物亭亭如盖，浓荫密布；鸟儿在灌木丛中歌唱，各种昆虫穿梭往返，翱翔自如；爬虫在潮湿的土壤中蜿蜒蠕动，匍匐前进，想想这些精心制作的结构形式，它们相互之间既是各具特色如彼，在那复杂情况下又是相互依存如此，一切都是根据法则而产生，回绕着我们而活动。

植物笔记同剑桥大学图书馆和不列颠自然历史博物馆比格尔动物标本笔记的版式一样，笔记的每一组，都为搜集到的不同生物群（植物、鸟、鱼、昆虫、哺乳动物、软体动物、爬行动物和两栖动物）作鉴定的分类学家而编写。植物笔记对达尔文比格尔标本的鉴定工作极为有用，这就使他写这两本笔记的意图如愿以偿了。