3月11日，9.0级地震袭击了日本的东北部，摧毁了东北大学田村浩二的实验室和办公室，将书籍、显微镜和样本震在了地上。虽然像壁虎、爪蛙和斑马鱼这些研究人员经常用来研究器官发育的动物存活了下来，但这些实验动物也将面临死亡的危险，因为蓄水池会中断水的供应，之后就会变干。田村浩二说：“我非常担忧，在没有水的环境中动物能够存活多久。但我不能在很多人缺水的情况下坚持这项研究。”

　　正如日本的其他科学家一样，田村浩二既为研究的中断担忧，同时又为地震、海啸后的死难人员以及许多无家可归的人感到悲伤。目前，校园内的研究机构还没有人员伤亡情况的出现。事件发生后一个多礼拜，科学家们被要求对灾难造成的破坏做出判断，其中包括基础设施的中断、东京的停电以及日本东部地区实验室和其他设施遭受的物理破坏。

　　在东北大学里，受地震影响最大的是材料科学和工程医药实验大楼，它们都处于离震中附近的仙台县。在大学里，一个紧急小分队对地震带来的灾难做了评估，但是由于电和水在余震后的稀缺，使评估工作变得很困难。目前，被海啸冲倒的是一幢位于仙台北部的农业科学研究院的野外站台建筑，还有六幢大楼不能安全的进入。

　　东北大学因金属玻璃、聚合物和纳米器件研究而闻名的WPI先进材料研究所已经损失了近10亿日元（将近1250万美元）的设备，研究所负责人山本细则说：“如果仔细检查的话，损失的数额还会增加。”在被破坏的设备中，有世界最先进的电子显微镜和研究原子表面排列的设施。

　　坐落于仙台南部、茨城县海岸边的日本帕洛阿尔托研究中心已经关闭，由于离震中较远，它拥有的三座加速器似乎完好无损，设备也没有受到海啸的影响，研究人员将于近期检查后视情况考虑重新启动机器。

　　据日本筑波的高能加速器研究组织协会报道，光子能量中心的同步加速器运能在削弱。他们在3月15日给国际社团的报告上写到：直线加速器已受到实质性的损害，但同时指出了有五根蛋白质结晶学光束线没有遭到破坏。

　　与此同时，震后关闭福岛第一核电站的反应堆和部分核电厂导致了东京和邻近县电力的紧缺，每天实行时段性停电。在此地区的许多科研机构，包括东京大学和著名的理化学研究所已被迫停电或大幅减少电力的使用，包括关闭超级计算机等大型设施。

　　由于核危机的不确定性和基础设施的中断，迫使外籍研究人员迅速撤离这座城市，往南方或者其他国家避难。日本理化所脑科学研究部负责人阿德里安·默尔（Adrian Moore）说：“这是一个很严重的问题。”他的六个非日本籍的博士后中有五个已经撤离了，其他的学生们也走了，直到形势稳定后才会回来。

　　在日本帕洛阿尔托研究中心，所有的外籍研究人员都已经飞回自己的家乡或住在筑波的宿舍里，那里的基础设施还算完好。政府正在考虑紧急投入资金用于大学和研究中心的恢复重建工作。

　　在一片沮丧的气氛下，仍然有积极的一面。在地震发生的那一天，一艘钻探能力7000米的日本“Chikyu”研究船在仙台县北部的八户市安全停港，按原计划，它将进行一次提取海底煤层样本的作业。在震后的30分钟里，这艘载着200个人的船，其中包括48名小学生，一直没有停靠在岸边。当时的情况是，船在海里远比在经海啸肆虐的岸边安全得多。尽管伴随着地震而来的海啸将这艘重达5.7万吨的船旋转了2.5次，但好在没有人员伤亡，唯一受到破坏的是六个推进器中的一个。海洋地球科学技术的日本代理处、负责这次煤层考察旅行的首席科学家稻垣文雄说：“没有人员伤亡应该算是一个奇迹。”然而，其余的考察旅行项目被取消了。

　　东北大学执行副校长幸久北村说：“学生们和教职员工正通过世界各地的信息重获自信，重铸自身的热情远比物质投入更为重要。”