自从60年前披露了DNA优美曲线以来,生物学的各个领域均在发生着革命性的变化:从人类基因组计划到转基因工程,其间不乏各种组学计划,直至将生物科学应用到日常生活中的合成生物学……
1953年4月25日,弗朗西斯·克里克(左)与詹姆斯·沃森在《自然》杂志上发表论文,描述了DNA分子的双螺旋结构
人们曾经认为,科学的进步其过程是没有规律可言的,革命性的发现都产生于神话般的灵光一现:真实情况往往平淡无奇,科学家们的每一个进步都很小。然而60年前,弗朗西斯·克里克(Francis Crick)与詹姆斯·沃森(James Watson)发表著名的DNA分子结构(双螺旋,像扭曲了的阶梯)被看作是无可非议的转折点:从那天开始,永远改变了我们对于生命的理解,并开启了现代生物学的时代。
以基因形式存储信息的DNA
“我们注意到,”他们在《自然》杂志发表的简短论文中写道,“双螺旋直接表明了遗传物质的复制机制。”事实证明的确如此。克里克的妻子奥迪尔(Odile)第一个画出了这个优雅的螺旋。如今,这一最著名的生物分子已成为人类文化的一部分:在电影、艺术品,甚至洗发水广告中都有它的身影。现在人们知道,DNA是必威在线网站首页网址 的曲折盘旋(移动和解旋),不断地进行诸多生物密码的编码解码工作。
自1953年以来,随着人类对DNA的控制能力不断增强,生物学已经演变为一个世界性的行业。现在,我们正在进入后DNA时代,转基因技术和合成生物学已然成熟和兴起,其发展带来了科学和商业收益的同时,也面临伦理道德上的困惑。在过去的几年里,DNA本身性质已被改变,组成DNA的碱基发生变异,DNA的功能被重新改造进行非生物利用。
对DNA的操作,是由其本身的结构所决定。双螺旋阶梯的每一级都是由一对DNA碱基组成,其碱基分别由A(腺嘌呤)、T(胸腺嘧啶)、C(胞嘧啶)、G(鸟嘌呤)四个字母代表:A只能与T配对,而C只能与G配对。如果把阶梯一分为二,把原来配对的梯级分开,那么每一半阶梯都会含有补全另一半的全部信息。因此,你可以从一个DNA分子制造出两个独立的DNA分子。这一过程此刻就在你身体里进行着(构成身体的细胞以大约每分钟3 000个字母速度分裂,细菌则以10倍于此的速度进行)。相同的过程在地球上的每个细胞中连续不断地进行。据我们所知,活细胞中的DNA都是一样的,联系达尔文的进化论学说,我们能勾勒出生物的基本图形以及生命在40亿年的过程中是如何进化的。
DNA作为一种代码,是以基因的形式存储生物学信息。上世纪60年代,DNA密码被系统地破解,发现生物具有惊人的保守性。如果把DNA比作字母表,那么从中拼出的单词就是蛋白质的组成部分――氨基酸。虽然由DNA编码的氨基酸只有20种,但却足以组成所有的生命体。每个生物体内的字母、加密方法、拼出的单词都是相同的:从细菌到蓝鲸、向日葵、蘑菇,甚至你我,概莫能外。
从转基因技术到合成生物学
正是这种统一性,催生了生物技术的工业革命,但同时也给我们带来了烦恼。上世纪70年代,美国加利福尼亚州的科学家发明了在物种之间转移DNA片段的方法,由此,物种的特性可以被人精心设计。其实,在上万年的育种和农业活动中,人类一直在这么做,只是随着各种“DNA编辑工具”的问世,使我们突然跨过了物种和性别的障碍。如今,转基因技术几乎已经成为了生命科学各领域的中流砥柱,促进了生命奥秘的探索和疾病机制的研究。
在本世纪,继转基因技术之后出现的新领域是合成生物学。就像电子学先驱们那样,合成生物学是通过基因的修补(即制造标准化的组件),使新技术开发更加容易。今年夏天,最大规模的合成生物学会议在伦敦帝国理工学院召开,这一快速成熟领域的创建者们齐聚伦敦,旨在用先进的工具创建复杂的生物电路,以此解决一些世界性的难题,如食品、燃料及粮食生产。理论上生物电路类似于电子产品,诸如晶体管的结点和“门”,但这种电路实际上是经过精心设计组装、完成特定逻辑功能的DNA。
由沃森领导的人类基因组计划(HGP)已于10年前完成,对人类基因组中的30亿对碱基进行了较为完整的检测,取得了许多令人惊喜的成就,包括初步了解人类基因组是如何工作的,尽管要取得实质性的突破仍有很长的路要走。与此同时,人类已经陷入DNA专利的困境:按现行法律,个人的基因可以被他人拥有。而4月下旬在美国高等法院审理的两个乳腺癌基因是关键司法案例,将在全球范围产生巨大影响。
HGP改变了科学研究方式
最近几年,成百个实验室的上千名科学家测序了人类及其他物种的多个基因组,这是继HGP后催生出的一种大科学研究模式――开放的大型国际联合实验室。4月中旬,古老的腔棘鱼基因组被测序公布。所有的基因组数据都是公开的,最大程度地为尽可能多的人利用。
我们对DNA的操控已经到了登峰造极的地步,可以完全无视其本来的进化功能,仅仅当作是一种信息载体来操作。简单地说,DNA是存储信息的载体,其稳定性令人难以置信:我们从已经死去很久的生命体中提取到DNA样本,包括猛犸象和尼安德特人,这具有重大意义。
上世纪90年代,人们就开始把DNA视作数据存储载体,直到2010年,科学家克雷格·文特尔(Craig Venter)才把一些加密信息融合在一个名叫“辛西娅”的合成细胞中。今年1月这一领域有了突破,剑桥大学的遗传学家伊万·伯尼(Ewan Birney),用DNA编码了一段莎士比亚十四行诗、一段马丁·路德·金(Martin Luther King)的“我有一个梦想”演讲视频,以及克里克和沃森1953年的论文。而后把它们传送到一个德国实验室解码,得到的结果是零错误率。
现在,这项技术仅仅用于存档,因为其读写速度很慢,信息密度却比蓝光碟或硬盘还大。相信,随着研究的不断深入,DNA的读写速度将会大幅度地提高。还记得录像带和光碟的发展过程吗?DNA这种介质可以稳定地存储数据达40亿年之久。
虽然目前DNA编码和复制机制一成不变,但DNA分子本身却不是这样。在过去几年中,我们已经看到生命语言其惊人的发展。最初字母只有4个,现在已经提高到至少6个。Z、P是由包括佛罗里达州应用分子进化基金会史蒂夫·本纳(Steve Benner)在内的科学家提出的。这些新字母目前没有任何意义:就好像我们在英文字母表里增加一些不能发音的字母。不过,本纳把它们归纳为一个冻结了几十亿年的分子。
去年,剑桥大学维托尔·皮涅罗(Vitor Pinheiro)团队重新组装了双螺旋阶梯的支架,使DNA的D碱基能接纳其他分子,创造了一类叫做“XNA”的物质:它们同样能复制、进化,可能拥有药物的潜力。因为它们不同于游离的DNA,身体不能识别它们,自然也就无法降解。
自从60年前揭示了DNA优美的曲线以来,生物学各个领域在发生革命性变化的同时,也不可避免地引起人们对科学家“扮演上帝”的指责。然而,这确实是我们一直在做的:提取自然材料、重新设计、改造它们,以适应人类的需要和欲望,但通常没有考虑后果。可以这么说,所有对新领域的探索都伴随着争议,比如,大型公司对转基因作物种子所有权的垄断就激起农民很大的怨愤。
某些人有一种发自内心的信仰,认为我们不应该从根本上篡改自然。然而,DNA技术将继续发展。让DNA技术蓬勃发展是我们的责任,而如何分享其果实则留给社会作出明智的决定。
60年前的发现引发的这场生物学革命,我们正在进入其黄金时代。
资料来源The Guardian
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富兰克林与51号图像
詹姆斯·沃森(James Watson')书写了这段历史。尽管招致其他两位诺贝尔奖得主的抗议,他的《双螺旋》一书还是于1968年出版,这是一部令人激动的、漫谈式的自述。书中,沃森对罗莎琳德·富兰克林(Rosalind Franklin)持有惊人的性别歧视(后者在DNA结构的发现中起了关键作用)。沃森坦承,在他几乎不认识她时就为其外表着迷。“她不是没有吸引力,”他这么说,“如果她对服饰有那么一点上心的话,她会是很迷人的。”
直到现在仍有很多科学家对沃森的说法感到愤怒,其中包括弗朗西斯·克里克(Francis Crick)和莫里斯·威尔金斯(Maurice Wilkins)。当时很多人把富兰克林视为20世纪最伟大的科学家之一――无论男性还是女性。与20世纪50年代相比,现在的环境更接近性别平等,然而《自然》杂志近期的一篇社论表明,不管以怎样的方式衡量,“科学仍然存在制度上的性别歧视”。
毫无疑问,富兰克林是至关重要的:正是她娴熟的X-射线晶体学方面的技术,才拍摄到著名的51号照片;而克里克和沃森正是由此受到启发,提出DNA右螺旋阶梯状的假说。不过,这幅照片实际是由富兰克林的学生、22岁的雷蒙德·戈斯林(Raymond Gosling)拍摄的。
伟大的发现往往需要巨大的信心――没有比DNA双螺旋模型更伟大的了――而荣誉是永久的争议焦点。克里克天才般的眼光结合沃森强烈的抱负,使得他们在这场竞赛中胜出。但他们的成功是建立在许多其他科学家多年来工作的基础上。
1962年,克里克、沃森和威尔金斯获得了诺贝尔奖。而富兰克林6年前因卵巢癌去世,年仅38岁。有意思的是,我们设想一下:如果她没有过早辞世,她是否能够得奖?大家都很清楚,诺贝尔奖的规则是只授予活着的人,并且仅限于三人。
科学研究总得借鉴他人的成果。现年86岁的戈斯林,也许是这段传奇中最不为人所知的人,他对《自然》杂志诉说了富兰克林看到他们工作成果时的反应,那是一种十分优雅而又谦逊的态度。“她当时说,‘我们都站在别人的肩膀上’。”
资料来源The Guardian
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