克雷格·文特尔认为自己是个特立独行的人
遗传学家克雷格·文特尔(J. CraigVenter)因其在人类基因组测序领域的贡献,以及创造了仅含维持生命必需基因的“合成”细胞而闻名。由贝尔纳普出版社出版的克雷格·文特尔和大卫·邓肯(DavidEwingDuncan)的新书《魔法师二号之旅:解开海洋微生物组秘密的探险》(TheVoyageofSorcererⅡ:TheExpeditionThatUnlockedthe SecretsoftheOcean′sMicrobiome)详细介绍了文特尔乘坐魔法师二号在世界各地航行的经历。魔法师二号是克雷格·文特尔研究所为全球海洋采样考察而改建的游艇。在其探险之旅中,不仅要收集海洋微生物样本进行DNA测序,还要勇敢面对猛烈的风暴,躲避吼猴,潜入鲨鱼出没的水域。
自2004年以来,“魔法师二号”的行程已超过10万公里,累计在海上航行了两年多,到访了四大洲的23个国家和岛屿。文特尔的团队收集了数百万个基因,并对近1000个海洋微生物基因组进行了测序,其中许多都是第一次。在2017和2018年的巡航中,他们研究了在海洋环境中定殖于塑料的微生物。
2004年首次起航的“魔法师二号”
“魔法师二号”风帆游艇的平面图
文特尔向《自然》(Nature)杂志谈到了这次探险,提及他作为反传统人士的声誉,以及他通过位于加利福尼亚州圣地亚哥的人类长寿科技公司探索早期疾病检测的冒险经历。
您还花费大量时间在海上捕捉微生物吗?
我仍在航行,但航行了6.5万英里之后,我不再急于出海。研究所的科学家们仍在采集样本。人们淹没在这些数据中不知所措。我们首次发布来自马尾藻海的数据时,是将所有数据存入美国国家生物技术信息中心DNA序列数据库(GenBank)中。然后人们开始抱怨,当他们进行搜索时,他们能做的只是访问我的数据。很多基因仍然未知,这让所有人感到困惑。
我开始探险时受到的一些批评是:他们是钓鱼探险。我们确实钓了很多鱼。达尔文就是这样发现了很多物种。他只是出去探寻一些关于自然的问题。如果说有什么不同的话,那就是我们的方法表明,“发现的科学”并未过时。
你有最喜欢的微生物吗?
对我来说,最有趣的是极其多样性的(蓝藻)群落,它们产生维持我们生存的氧气——如果我们不消灭它们的话。这些家伙不断变异,但仍保持着将阳光转化为氧气的能力。
我们发现的另一件事是,从光合生物体中生长出来的噬菌体实际上会对光合生物体进行调节,并引入新基因来不断升级其宿主细胞的“软件”。所以病毒不是想杀死宿主的细胞,而是要确保宿主存活。
您在书中说您是一个特立独行的人。您就是这样看待自己的吗?
人们认为我出海研究海洋生物群落是鲁莽和不理智的,因为我不是一个训练有素的海洋学家。在我看来,我是跟随我的直觉去做实验。这并不是不顾他人想法,但很多科学都建立在推翻以前科学家制定的方法的基础上。
我从我已故的博士生导师内特·卡普兰(NateKaplan)那里学到这一点:他说成为一名优秀科学家的秘诀是不要害怕做实验。我不怕提问题。幸运的是,我的大部分想法和直觉都是正确的。
微生物测序是否为您的疾病研究提供了信息?
它确实提供了信息——我们是一个微生物星球。我们的生活依赖于它们。我们觉得微生物和病毒是有害的,因为它们会引起疾病,但其实只有一小部分会引起疾病。微生物对我们的生存更为重要。
当我们身处南太平洋清澈的海水中,可以看到水下200英尺的地方。很难想象那里的每毫升水中都含有100万个细菌和1000万个病毒,因为它看起来就像纯净水一样。只是因为有了基因组测序和鸟枪测序法,我们才能看到它们。当你在显微镜下观察海水时,它们看起来几乎都一样。
书中反复出现的一个主题是很难获得取样许可。为什么?
我认为这很荒谬。当你从加拉帕戈斯群岛航行到马克萨斯群岛(这是一片开阔的海洋)时,会出现一节海流。这里的所有物种不属于任何人,没有针对它们的任何法规。但一旦洋流将这些微生物带过法属波利尼西亚100英里的界线时,这些微生物就突然属于法国了。保护捕鱼权是有意义的,但保护漂入漂出的微生物则不然。
我们明确表示,所有数据都将归入公共领域,并且没有用任何数据申请专利。然后我们开始得到相反的抱怨:因为我们将其置于公共领域,所以我们破坏了(国家)专利权。其实我们还只停留在事物表面,我不认为我们发现的物种中有任何价值数十亿美元的细菌(微生物)。
微生物会变得有价值吗,比如吃塑料的细菌?
你知道,有很多吃塑料的东西。我认为合成生物学将会发生的是,这些生物体的合成途径将被用于制造新的细菌。但我们只是做了初步调查。海洋中有数千万个微环境。风搅动着水面,多样性也在不断变化。我们可以在接下来的100年里继续这样做,但仍然无法了解一个完整的图景。
是什么让您转向早期疾病预防?
成立人类长寿科技公司是基于对我基因组的早期分析。根据检测数据,我有患早发性阿尔茨海默病的风险。(但是)你不能只看基因组就理解它。所以我问神经科的医生朋友是否愿意对我做脑部核磁共振检查。医生说,核磁共振显示我的大脑只有30岁或40岁。这是个好消息。
因此,就我而言,这种突变并不是可预测的。这使我产生了建立一家诊所的想法,在那里我们进行广泛的表型分析和基因组测序,试图获取有关这些事情的真实数据。我规定只对无症状的人进行检测。仅通过这些测试(就像在海洋中取样一样),我们就发现大约50%自称健康的人都患有严重疾病或有患病风险,而他们完全没有意识到。
我想成为第一个通过测试的人,放射科医生告诉我,我患有高级别前列腺癌,需要立即手术。如果我得了如此严重的前列腺癌而不手术,就很难活过5年。所以我做了手术,现在已经六年半了,我已经痊愈。我们在50岁以上的人群中,查出5%的人患有一种主要肿瘤,而之前他们自己并不知道。
您担心过度诊断吗?
我们发现了很多处于早期的不同疾病,因为这是一次非常全面的体检。我们打算开办两家流动诊所,目前正在等待着一大笔拨款申请能够获批。其中一家诊所主要是为原住民和得不到充分医疗服务的人群提供免费诊断。但我们不得不与医学界斗争。我激怒了很多医生,他们认为让看起来健康的人做检测是错误的。
您认为十年后人工智能将如何改变医疗场景?
人工智能对医疗会有很大帮助,但也有缺陷。除非你能起诉电脑玩忽职守,否则很多时候人工智能系统只会编造故事。在我们能够信任人工智能系统提供真实答案之前,我们不能就这样把医学诊断交给它们。我们要做的就是限制人工智能的训练集。我在一家利用人工智能诊断癌症的公司做科学顾问。我对此很乐观,只要我们不盲目地将系统交给没有良好训练集的人工智能。所有人都在说人工智能将是人类的终结。但如果人类够聪明的话,这种事就不会发生。
我猜您不会退休吧?
我认为退休就等于死亡。我有自己的研究所和一支令人难以置信的团队。我想一直继续下去,直到我们不再产生有趣的想法。
资料来源Nature